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不同的微生物要求不同的pH：大多數細菌藻類和原生動物的最適pH為6.5～7.5，它們的pH適應范圍在4～10之間。細菌一般要求中性和偏堿性。某些細菌，例如氧化硫硫桿菌和板端嗜酸菌。需要在酸性環境中生活，其最適pH為3，在pH為1.5時仍可生活。放線菌在中性和偏堿性的環境中生長，pH以7.5～8.0最適宜。酵母菌和霉菌要求在酸性或偏堿性的環境中生活，最適pH范圍在3～6，有的在5～6，其生長極限在1.5～10之間。工業廢水的pH多會偏離6～9的范圍。在生物法凈化這類酸性或者堿性有機廢水前，必須用酸或堿加以調節．使pH維持在7左右后方可與微生物接觸。事實上，凈化污（廢）水的微生物適應pH變化的能力比較強，曝氣池中的pH維持在6.5～8.5均可，大多數細菌、藻類、放線菌和原生動物等在這種pH下均能生長繁殖，尤其是形成菌膠團的細菌能互相凝聚形成良好的絮狀物，取得良好的凈化效果。有機固體廢物的pH為5～8，堆肥初期pH下降至5以下．以后上升至8.5，成熟堆肥的pH在7～8之間。

污（廢）水生物處理的pH宜維持在6.5以上至8.5，是因為pH在6.5以下的酸性環境不利于細菌和原生動物生長，尤其對菌膠團細菌不利。相反，對霉菌及酵母菌有利。如果活性污泥中有大量霉菌繁殖，由于多數霉菌不像細菌那樣分泌黏性物質于細胞外，就會降低活性污泥的吸附能力，其絮凝性能較差，結構松散不易沉淀，處理效果下降，甚至導致活性污泥絲狀膨脹。

在培養微生物的過程中，隨著微生物的生長繁殖和代謝活動的進行，培養基的pH會發生變化，有的由堿性變酸性，有的由酸性變堿性，其原因是多方面的。例如，大腸桿菌在pH為7.2～7.6的培養基中生長，分解葡萄糖和乳糖產生有機酸，這會引起培養基的pH下降，培養基變酸。微生物在含有蛋白質、蛋白胨及氨基酸等中性物質的培養基中生長，這些物質可經微生物分解產生NH3和胺類等堿性物質，使培養基的pH上升。另外，由于細胞選擇性地吸收陽離子或陰離子，也會改變培養基的pH。如用（NH4）2SO：作無機氮源時，當NH4＋被菌體吸收用于合成氨基酸和蛋白質后pH下降，以及用NaNO3作氮源時，NO3被吸收后，培養基的pH會上升。因此，在考慮培養基成分時，要加入緩沖性物質，如KH2PO4和K2HPO4等。 

在廢水和污泥厭氧消化過程中，要控制好產酸階段和產甲烷階段的平衡，pH很關鍵。通常pH應控制在6.6～7.6，最好控制在6.8～7.2之間。城市生活污水、污泥中含蛋白質，在處理時可不加緩沖性物質，如果不含蛋白質等物質，處理之前就要投加緩沖物質。若是連續運行，不但在運行之前，而且在運行期間也要注意投加緩沖物質，所加的緩沖性物質有碳酸氫鈉、碳酸鈉、氫氧化鈉、氫氧化銨及氨等，以碳酸氫鈉為佳。